浄水 - чистая вода
清水 - чистая вода (ключевая)

www.minna-no-nihongo.ru/31-appendix_9.html

Я за такие вопросы скоро банить буду...
www.minna-no-nihongo.ru/946-katakana_n_so.html

По написанию они отличаются - し и レ
У СИ - круглая часть внизу, а у РЭ - острая

Дополнительный словарь дается для того, чтобы вы видели тонизацию слов, которая специально выделена красным цветом.
Вас никто не заставляет их учить - можете не обращать на это внимание - это ваше право.

Безусловно! Это опечатка...

Ошибки нет.
Речь в третьем лице допустима у японцев. Особенно в речи молодых.
Я как то переписывался с одной японкой и никак не мог понять почему она говоря о себе употребляла 3-е лицо...

Если вас это смущает - при отработке используйте "аната"

Используйте - WO

教か書 - きょうかしょ - "учебник" - словарь 2-го урока
Добавил там альтернативные написания.

Да, правильно будет - 研究者

Да, опечатка

Впервые такое слышу.
В виндоус 7 имеется своя внутренняя поддержка японского языка и дополнительные утилиты не нужны.

Подсказать конкретно ничего не могу - я виндоус не использую.
Обратитесь в тех поддержку виндоус или попробуйте на форуме поспрашивать...

Чем более длительное время уделяется на отработку урока и прилагаемых "приложений", тем лучше усваивается материал.
Если "читать" или "пролистывать" уроки - то в голове ничего не будет держаться.

О видео:
Потому что видео диалог является "дополнительным прибамбасом", которого в обычном комплекте "минно но нихонго" нету.
В стандарте идет только аудио.
Например во второй части учебника видео нету.

Аудирование - вещь сложная.
Слова надо не только "зубрить", но и обязательно слушать и проговаривать много раз.
Тогда они будут узнаваться в диалогах.

今晩 読みます - буду читать вечером
"Прочитал" - это выражение законченности действия - 、読み終わる - よみおわる
"Читал" оформляется простым прошедшим временем

火燵 или 炬燵 - こたつ - кота́цу <i>(комнатная жаровня, вделанная в пол и накрываемая сверху одеялом)</i>;

Вы можете учить слова/иероглифы так, как вам удобно.

Сейчас используется стандартный проигрыватель.

У меня постановка на паузу и снятие происходит без каких либо рывков. Все нормально в этом плане.
Смотрел в Лисе.

Что конкретно вас не устраивает в плеере?

Аудио представлены до 3-го номера включительно.